Jodyna działa na drobnoustroje poprzez proces hydrolizy po rozpuszczeniu w wodzie, tworząc kwas podjodawy (HIO) oraz jony jodowe (I-). Te dwie substancje dzięki swoim właściwościom utleniającym są zabójcze dla większości patogenów. Chociaż ich skuteczność jest nieco mniejsza niż chloru lub kwasu podchlorawego, jodyna jest bardziej stabilna i mniej reaktywna na zanieczyszczenia azotowe.
Skuteczność jodyny w zwalczaniu różnych drobnoustrojów zależy głównie od stężenia pH roztworu. Bakterie są najbardziej wrażliwe na kwasowość w zakresie 5-7 pH, podczas gdy wirusy są wrażliwe na zakres 8-9 pH. Temperatura również wpływa na skuteczność – im chłodniej, tym większe dawki jodyny są potrzebne do efektywnej dezynfekcji. Na przykład, porównując dezynfekcję przeprowadzaną w temperaturze 25°C i -2°C, konieczne może być zastosowanie nawet dwukrotnej dawki jodyny, aby osiągnąć ten sam efekt.